生物与食品工程学院始建于1985年，其前身为重庆三峡学院生物系。学院现有生物技术、食品科学与工程、食品质量与安全、园艺、农学、智慧农业六个本科专业，现招收学科教学（生物）教育硕士，农艺与种业、食品加工与安全、资源利用与植物保护3个领域的农业硕士，在校本科生和研究生共计1440余人。学院师资力量雄厚，现有教学科研人员108人（含三峡农业科学院），其中正高23人、副高39人，博士39人（含在读博士），享受国家特殊津贴专家、全国农业先进工作者等各类人才35人。学院现有国家级改革试点专业1个、重庆市一流专业2个、重庆市特色专业1个，拥有国家农作物品种区试试验站、重庆市工程实验室等市级以上科研平台和基地36个，教学科研设备齐全。近年先后承担国家自然科学基金等国家级项目11项、省部级项目140余项和校区级项目120余项，科研经费3500余万元，在农作物种质资源鉴定保存、作物抗病育种繁殖、作物高产高效栽培、道地中药材种植开发、食品保鲜与深加工等方面具有明显特色和优势。

学院着力培养人格健全、知识扎实、实践能力强的高素质应用型人才，在全国各地的企事业单位建有40多个实习基地。人才培养质量高，每年考研升学率近30%，位于全校前茅；毕业生广受用人单位青睐，就业去向落实率持续保持在95%以上，主要分布于政府机关、事业单位、银行、生物医药、食品、园艺园林行业等。